moodleのPDF注釈でコメントが文字化けする場合の対処ですが、config.phpに以下の記述を追加することで対応できると思います。
As for the garbled comments in moodle's PDF annotations, you can add the following to config.php.
define('PDF_DEFAULT_FONT', 'kozminproregular');
$CFG->pdfexportfont = 'kozminproregular';
Reference
Add font option in EditPDF configuration
https://tracker.moodle.org/browse/MDL-45301
